Ａ50：
ネットでも複数のサービスがあるので、これもまた混乱してしまいますよね。
結論から申しますと、追加料金を払えば後からでも自由席でも指定が取れます。自由席から指定席への「変更」は１回に限り可能です(もし原券が何らかの特急券を変更した自由席特急券だとできない)。ですから、はじめは自由席を買っておいて京都から列車に乗り、席があいてなかったら乗務員に指定席が空いているかどうか聞くといいでしょう。通常期ですと510円(7月21日〜8月末までは710円) を追加すると指定席に変更できます。
ただし、希望した列車の指定席に残席があることが条件ですが…。

Ａ49：
距離もそこそこありますし、片道でしたら素直に買ったらいいのではないかと思います。往復でしたらいろいろ選択肢が増えるのですけど。
分割乗車券にするには距離が長いからあまり得しないですね。(札幌市内から滝沢までの乗車券を買い、盛岡まで乗り越したら通しで買うよりも80円安くなります)
函館または五稜郭で北斗とはつかりを乗り継ぐ場合、北斗の特急料金が半額になります。また、函館−青森間を海峡に乗り、青森から盛岡まではつかりに乗る場合でも、北斗の特急料金は半額になります。
普通に買う以外の方法では金券ショップで回数券や青春18きっぷ(海峡に乗るのに使えます)という方法がありますが、今回は特急の距離が長く、乗車券もこともあるので普通乗車券がいいかと思います。 (学割が使えるなら学割で買うといいでしょう)
値段ですが、

乗車券(札幌市内−盛岡)　 10,180円
自由席特急券(札幌−函館)　1,260円(乗継割引)
自由席特急券(青森−盛岡)　1,680円
　合計　　　　　　　　　 13,120円

となります。 なお、海峡に乗らないパターンだと420円高くなります。

Ａ48：
株主優待券で立山黒部アルペンきっぷが買えるかという件ですが、立山黒部アルペンきっぷ自体が割引運賃が適用されている企画きっぷですので、ＪＲの株主優待券を使ってさらに割引することはできません(重複割引はできない)。
このきっぷ以外で安くする方法ですが、ＪＲの部分だけ別途、回数券を金券ショップ等で購入して組み合わせるという方法もあります。しかし立山黒部アルペンきっぷと比べると割引率があまり良くない上に複雑なので、立山黒部アルペンきっぷを使うことをお勧めいたします。
（回数券を組み合わせるというのは具体的には大阪−富山の回数券や大阪−名古屋の新幹線エコノミーきっぷorぷらっとこだま(近鉄という方法もある)などで、元町−大阪も昼特や私鉄を使うとさらによい。）。
立山黒部アルペンきっぷだと大糸線内以外では途中下車できないですが、これだと名古屋周りの場合でも名古屋で途中下車が出来ます。他に富山地方鉄道の株主優待券も組み合わせ、富山から美女平まで使うという方法もありますが、神戸からだと株主優待券の入手が困難かと思います。
参考までに北陸往復、指定席利用の場合の値段を紹介します。

１．立山黒部アルペンきっぷの場合
立山黒部アルペンきっぷ　　　　 24,090円

２．通常購入の場合
乗車券(神戸市内−信濃大町)　　　7,980円
バス(信濃大町−扇沢バス)　　　　1,330円
トロリーバス(扇沢−黒部ダム)　　1,260円
ケーブルカー(黒部湖−黒部平)　　　840円
ロープーウェー(黒部平−大観峰)　1,260円
トロリーバス(大観峰−室堂)　　　2,100円
バス(室堂−美女平)　　　　　　　1,660円
ケーブルカー(美女平−立山)　　　　700円
富山地鉄(立山−電鉄富山)　　　　1,170円
乗車券(富山−神戸市内)　　　　　6,090円
特急券(大阪−富山)　　　　　　　3,230円(繁忙期)
特急券(富山−糸魚川)　　　　　　1,860円(繁忙期)
特急券(富山−大阪)　　　　　　　3,230円(繁忙期)
　合　計　　　　　　　　　　　 32,710円 

ルートとしては北陸往復のほうが安いのですが、信州でも松本あたりまでへ行くことを考えると名古屋周りの方がいいかと思います。
あとは8月10日までに使うことですかね(11日から20日は使えない)。
また、回数券を使う方法ですと大阪−富山で500円ほど安くなるかなという感じです。その他に自由席で行く方法(1乗車あたり710円安くなる)、新神戸から新大阪まで新幹線自由席利用として新幹線乗り継ぎ割引を活用する(在来線の特急料金が半額になるので、片道780円(大阪−富山、指定席の場合)ほど安くなる)、富山から信濃大町を普通利用にする方法等がありますが、すべて組み合わせても 27,000円ほどはするので、立山黒部アルペンきっぷをお勧めします。

Ａ47：
意図的に後続列車に乗るのであれば、指定した列車が発車する前に後続の列車の特急券を変更するのが原則です(発車後の場合は乗り遅れとみなされます)。この場合、指定席特急券の場合は指定席への変更となりますが、希望した列車が満席の場合は差額返金の上、自由席への変更が可能です。
先発の列車に乗る場合についても、変更するのが原則です。
ただ、後続列車に乗る場合に意図的なのか乗り遅れなのかは乗務員では判断できかねますので、当日の列車の自由席に乗ることは問題とされないことが多いようです。

変更するのが原則と書きましたが、実際上、原券が変更ができない特急券(すでに変更済みの特急券)の場合もあります。指定席特急券を払い戻して改めて特急券を買うと割高になる場合があります。 こうした場合は変更せずにそのまま使うことはあるように思います。

Ａ46：
土日でなく、日月というところが難しいですね。
子供については、日曜の移動は2000円に値下げした「土日きっぷスペシャル」を使うのが間違いなくいいでしょう。子供の場合、月曜日は普通に乗車券を購入するのがいいですね。
ただ、きっぷは東京都区内−仙台市内と舞浜−葛西臨海公園に分けて買う方が安くなるので、土日きっぷスペシャルを購入するときに月曜日の東京都区内−仙台市内の子供の普通乗車券を買った方がいいかと思います。
ただ、大人はこれでは割高になるので、金券ショップ等で東京までの新幹線指定席特急回数券を買うのがいいかと思います。この場合の価格を示します。

・おとな
新幹線指定席特急回数券(仙台市内−東京都区内)　9,850円
乗車券(葛西臨海公園−舞浜)　　　　　　　　　　　130円
　小計(片道)　　　　　　　　　　　　　　　　　9,980円
　合計(往復)　　　　　　　　　　　　　　　　 19,960円

・こども
土日きっぷスペシャル(こども)　　　　　　　　　2,000円
新幹線特急券(東京−仙台)　　　　　　　　　　　2,400円
乗車券(東京都区内−仙台市内)　　　　　　　　　2,890円
乗車券(葛西臨海公園−舞浜)　　　　　　　　　　　 60円
　合計(往復)　　　　　　　　　　　　　　　　　7,350円

列車の部分だけ計算しましたら、大人2人、子供2人で54,620円となります。ちなみに定価だと65,360円ですから10,000円は節約できますね。
参考までに、東京ディズニーランドの値段ですが、１日でしたら大人(18歳以上)5,500円、子供(4〜11歳)3,700円です。２日でしたら「マルチパスポート」(ディズニーシーかディズニーランドか選択可能)が利用でき、大人(18歳以上)9,800円、子供(4〜11歳)6,700円です。

Ａ45：
折りたたみ自転車は袋に収納すれば無料で電車内に持ちこみできます。
以前は手回り品として手数料を取ってましたが、数年前に規則が変わり手数料なしで持ちこめるようになりました。(ただし、競輪選手が使用する競技用自転車は有料)
また、地方の路線(予土線など)や一部の私鉄(三岐鉄道など)では通常の自転車をそのままの状態で持ちこめるところもあります。

Ａ44：
結論から言うと、回数券のほうが安いです。
ただし、小田原からの回数券は自由席しか設定がないので、指定席にするならば通常に購入すれば乗車券は往復割引になるのでそのほうが安いです。
株主優待券は新大阪からＪＲ東海とＪＲ西日本にまたがるため、かえって割高になります。
回数券の場合、1枚あたり13,540円です。往復割引の場合、1枚あたり13,740円となります。
(筆者注：送信先に文字数制限がありましたので簡潔に記させていただきました)

Ａ43：
名古屋から長野でしたら、距離が短い(600キロまで)ので、通常に買うと片道でも往復でも値段は同じですが、学割証が1枚でよいので往復で買うことをお勧めします。
片道の値段は

　乗車券　4,310×0.8＝3,440円
　特急券(自由席)　　　2,310円(指定席の場合3,020円(繁忙期))　
　　計　　　　　　　　5,720円

です。往復ですが単純に倍して11,440円です。

Ａ42：
ＪＲ東海の株主優待券は乗車券、特急券とも同時に有効となりますが、自社内のみ有効ですので、乗車券は東京−名古屋市内ということになります。
舞浜−東京間の乗車券は別途乗車券が必要です。

Ａ41：
ちょうどいい日程ですねえ。「三連休パス」をぜひお勧めします。
これならルートに関係なく片道12,000円で済みます。

「三連休パス」とは、３連休を中心に発売している、ＪＲ東日本全線の新幹線を含む特急・急行・普通列車の普通車指定席・自由席が乗り放題というきっぷです。
値段は大人24,000円で、11／23〜25の3連休も対象期間です。乗り放題なので、帰りに盛岡に寄ろうが、新幹線で仙台で途中下車しようが自由です。
発売は前日までですが、早めに買っておいて指定席を確保した方がいいですよ。詳しくはＪＲ東日本のページにも出ています。
http://www.jreast.co.jp/ticket/200106_pas01.html

あとは時間帯とルートということになりますが、松本からですと大別すると、長野回りと中央東線回りの2つのルートが考えられますね。
目的は花巻温泉ということですが、花巻駅を想定して組んで見ました。新幹線にも新花巻駅がありますので、こちらの方が便利というのであれば北上で下車せずに次の新花巻で下車するといいでしょう。

○松本(篠ノ井線)長野(あさま)大宮(やまびこ)北上(東北本線)花巻の場合
１．松本732(普通)841長野902(あさま508)1018大宮1030(MAXやまびこ37)1305
　　北上1337(普通)1348花巻
２．松本805(普通)919長野934(あさま510)1050大宮1134(やまびこ39)1408
　　北上1414(普通)1425花巻

○松本(あずさ)新宿(中央線)東京(やまびこ)北上(東北本線)花巻の場合
(松本(あずさ)新宿(埼京線)大宮(やまびこ)北上(東北本線)花巻も可能)
３．松本650(スーパーあずさ2)926新宿(中央線)東京1004(Maxやまびこ37)1305
　　北上1337(普通)1348花巻
４．松本751(あずさ4)1052東京1108(やまびこ39)1408北上1414(普通)1425花巻

基本的には長野経由の方が早いですが、もし遅い方のパターンにするのであれば、松本を14分早く出てあずさ４号東京行きに乗った方が乗り換えが少なく楽かもしれません。
同様に帰りですが、

○花巻(東北本線)北上(やまびこ)大宮(あさま)長野(篠ノ井線)松本の場合
１．花巻1343(普通)1354北上1420(Maxやまびこ48)1706大宮1714(あさま523)
　　1827長野1838(普通)2021松本
２．花巻1514(普通)1526北上1538(やまびこ50)1548一ノ関1616(やまびこ20)
　　1806大宮1818(あさま527)1932長野1940(普通)2054松本
※やまびこ20号は新花巻1603発なので、花巻でゆっくりすることも出来ます。

○花巻(東北本線)北上(やまびこ)大宮(埼京線)新宿(あずさ)松本の場合
(花巻(東北本線)北上(やまびこ)東京(中央線)新宿(あずさ)松本も可能)
３．花巻1343(普通)1354北上1420(Maxやまびこ48)1706大宮1713(快速)1746
　　新宿(あずさ65)2057松本
４．花巻1514(普通)1526北上1538(やまびこ50)1548一ノ関1616(やまびこ20)
　　1806大宮1813(快速)1845新宿1900(スーパーあずさ13)2136松本

こちらも長野経由の方が圧倒的に便利ですね。もっとも東京で寄り道するなどするのであれば話は別ですが。
特に寄り道をしないのであれば、こちらは素直に長野経由の方がいいかと思います。行きをあずさにすると行きと帰りでルートが違うので楽しいかもしれません。
それにしても「三連休パス」は安いですね。正規運賃も調べたのですが、長野経由で18,350円、中央東線経由で18,140円です。
(往復すれば片道1割引なので片道につき1,020円安くなりますが)